已经确诊怀孕40天，如果是宫内孕的话是可以在这个时候采取药流的方式，但药流一般可能会留下一些后遗症，常常会导致不彻底，需要进行二次刮宫，对子宫又会造成二次伤害，所以如果经济条件允许的情况下，能够人流，尽量选择人流。