食道贲门癌是起源于有多方向分化潜能的贲门腺的颈部干细胞。通过光镜、电镜和组化研究可以诊断，贲门癌的病因复杂。一般认为生活环境与饮食是人类上消化道各种癌肿的两种主要致癌因素，也与胃食管反流及食管裂孔疝可能有一定关系。