治疗自身免疫性脑炎时发烧了，是正常的。因为自身性免疫性脑炎，是自己的细胞攻击自身的器官，导致颅内病变，病人可以出现发热，头痛症状的。对自身免疫性脑炎的治疗，目前尚没有特殊的方法可以完全治愈，只能经过免疫疗法给予相应的处理。