宫颈囊肿是指在宫颈糜烂愈合的过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞。腺管周围的结缔组织增生或瘢痕形成，压迫腺管，使腺管变窄甚至堵塞，腺体分泌物引流受阻，潴留而形成囊肿。囊肿的形成也是慢性炎症长期刺激引起的，比如卫生不良、雌激素缺乏、局部抗感染能力差时，分娩、流产或者手术损伤宫颈时，细菌浸润宫颈，引起宫颈感染。