药物流产第二天肚子疼，可能是流产药物的作用子宫收缩引起的，也可能是流产损伤子宫肚子的疼痛。建议你先观察，如果出血量多或出血时间长，最好去正规公立医院检查一下。出血正常，也需要一星期后去正规公立医院复查一下盆腔彩超，看看是否流干净。