由于囊肿的大小、性质以及伴随症状不同，最好的治疗方式就要因人而异。如果检查考虑是输卵管系膜囊肿，而且女性有反复的下腹部疼痛，最好考虑行手术进行囊肿剥离术。如果检查彩超发现是卵巢上的囊肿且小于三厘米以下，但没有任何不适症状，可以不做任何的处理治疗，而是随访复查彩超看囊肿的大小变化情况。对于卵巢囊肿超过五公分的女性，无论是有无不适症状都应该考虑行腹腔镜手术进行切除，因为囊肿太大容易出现囊肿破裂或者扭转而引起急性腹痛。