怀孕前三个月不适合同房，因为这个时候胎儿在子宫内还不稳定，同房的时候容易导致流产。您第二天早晨腹部疼痛需要考虑先兆流产的可能。您咳嗽应该是由上呼吸道感染，咳嗽的时候牵扯腹部会引起疼痛。建议您先用药物治疗咳嗽。然后观察看看不咳嗽的时候是否有疼痛，如果还有做彩超确定孕囊的情况。